Если дополнительная услуга оплачена в счете, то для ее возврата следует выбрать эту услугу в счете (кликнуть мышкой по ней) и через пункт Возврат произвести возврат средств за отмеченную в счете услугу:

Если возвращать нужно несколько услуг, то такие услуги можно отмечать мышкой в счете с помощью зажатой кнопки CTRL с клавиатуры, и далее в диалоге Возврат проверять значение в поле Сумма (с учетом установленного флага «Только отмеченные»):