В этом случае скорее всего пользователь удалил пакеты с услугами проживания из счета (по правой кнопке мыши), при таким способе удаления не сбрасывается признак «Начислено по»:

Для исправления ситуации следует выполнить команду Возврат услуг проживания по кнопке   и установить дату заезда гостя для того, чтобы сбросить признак начисления:

После этого еще раз выполнить процедуру начисления услуг проживания.